Microsoft phản đối tuyên bố của IRS và nói rằng họ tuân thủ mọi quy tắc và thanh toán tất cả các khoản thuế mà họ từng nợ, cả ở Hoa Kỳ và trên toàn thế giới. Công ty cũng đã tuyên bố rằng họ là một trong những công ty nộp thuế thu nhập doanh nghiệp hàng đầu của Hoa Kỳ trong nhiều năm qua, đã nộp hơn 67 tỷ USD tiền thuế cho chính phủ kể từ năm 2004. Microsoft nói thêm rằng họ sẽ kháng cáo quyết định của IRS, mặc dù quá trình này được cho là có thể mất “vài năm”. “
Điều đáng chú ý là Microsoft đã thay đổi cơ cấu và hoạt động công ty của mình kể từ những năm được kiểm toán, có nghĩa là những điểm không nhất quán mà IRS phát hiện không áp dụng cho các hoạt động hiện tại của công ty. Tuy nhiên, chúng vẫn rất liên quan đến giai đoạn kiểm toán, vì vậy sẽ rất thú vị để xem liệu Microsoft có thể thoát khỏi khoản thuế khổng lồ như IRS đã tuyên bố hay không.
Theo Microsoft, nhiều tập đoàn lớn sử dụng cùng một thỏa thuận ‘chia sẻ chi phí’, cho phép họ chia sẻ lợi nhuận của mình với các công ty con không phải của Mỹ và trả thuế thấp hơn ở Mỹ. Thực tế này là hoàn toàn hợp pháp, với việc IRS có các quy định lâu đời cho phép các công ty sử dụng chia sẻ chi phí trong khi báo cáo thu nhập của họ.
Tuy nhiên, hoạt động này vấp phải sự phản đối mạnh mẽ từ nhiều nhà phê bình, những người cho rằng các công ty nên nộp thuế cao hơn ở các quốc gia mà họ đặt trụ sở và không được phép báo cáo lợi nhuận thấp hơn ở các quốc gia có thuế cao hơn, cũng như lợi nhuận cao hơn. ở các quốc gia có mức thuế thấp hơn, để giảm bớt nghĩa vụ thuế của họ.
Cuộc kiểm toán tài chính của Microsoft bắt đầu từ năm 2007, cơ quan này mô tả đây là một trong những cuộc kiểm toán lớn nhất trong lịch sử của hãng. Cuộc điều tra đã kết thúc “gần đây”, với việc IRS dường như nhận thấy công ty này có trách nhiệm phải trả 28,9 tỷ USD tiền thuế truy thu, cộng với tiền phạt và tiền lãi. Tuy nhiên, Microsoft cho biết các khoản thuế mà hãng đã nộp theo Đạo luật Việc làm và Cắt giảm Thuế (TCJA) không được phản ánh trong số liệu của IRS, do đó số thuế chưa nộp có thể thấp hơn tới 10 tỷ USD.